سید محمدمهدی میرباقری (زادهٔ 1340 در قم)، روحانی ایرانی، رئیس فرهنگستان علوم اسلامی قم و از نظریه‌پردازان در باب نسبت بین علم و دین است. او معتقد به جهت‌داری علوم از نظر معرفت‌شناختی است که براساس آن می‌توان علوم را به دینی و غیردینی تقسیم کرد. وی در اسفند 1394 از سوی مردم استان البرز به عنوان نماینده این استان در مجلس خبرگان رهبری انتخاب شد. او از مدرسین دروس خارج فقه نیز به‌شمار می‌رود.